Интересная штука. Небольшой баг — узлы, выходящие за пределы страницы, обрезаются.
Пример (кликабельно):
Лучше наверное сделать чтобы размер страницы в таком случае динамически изменялся.
Это проблема движка — нужно задавать размер div, а наперед узнать точную высоту не представляется возможным. Но если кликнуть на ссылку, граф перерисуется с учетом вашего выбора.
Визуализация связей между веб-ресурсами